Van de hierboven genoemde effecten / bijwerkingen, is het de moeite waard rekening te houden met het feit dat Melanotan II  zwaardere bijwerkingen heeft in vergelijking met Melanotan en daarom is voorzichtigheid gewenst. De meeste mensen vinden Melanotan zeer comfortabel in het gebruik, met te verwaarlozen bijwerkingen.

Alhoewel de bijwerkingen zich steeds minder uitgesproken worden bij elke toediening van melanotan, zullen de meeste gebruikers ten minste enkele van de bijwerking in meer of mindere mate ervaren (meestal misselijkheid, gezicht blozen, eetlust onderdrukken en hoofdpijn). In het geval van MT-II, uit het verhogen van het libido zich vooral bij de man op de lichamelijke tekenen zoals een betere bloeddoorvoer naar de penis en de man ervaart hierbij ook een verhoogde sexuele opwinding.
Deze bijzondere bijwerking neemt niet af in de loop van de tijd en in de meeste gevallen kan de mannelijke gebruiker verwachten dat deze bijwerking aanhoudt tijdens de gehele periode van MT-II gebruik. Houdt u er rekening mee bij de opbouw van uw dosering dat u de toediening op persoonlijke gevoeligheid en tolerantie checkt.

Sommige gebruikers zullen op specifieke gebieden van het lichaam sproeten opmerken. Dit is een gevolg van de toegenomen melanine in de huid.. Het goede nieuws is dat als het bruin meer wordt ontwikkeld, de visuele verschijning van de verkleuring van sproeten zal afnemen. Moedervlekken kunnen ook donkerder worden. Maar beide ontwikkelingen zullen minder worden na het stoppen van de toediening van de peptide en/of stoppen met blootstelling aan de zon.

Daarnaast zijn er zeldzame meldingen gemaakt van een verschijnsel genaamd ‘hyper pigmentatie’. Dit gaat gepaard met donkere vlekken van de huid, meestal veel groter dan een gewone moedervlek. Niet alle gevallen van hyper pigmentatie zijn toe te schrijven aan toegenomen melanocyte activiteit.

Eerder ongeziene witte vlakken van de huid kunnen ook zichtbaar worden als de bruining zich verdiept. Men denkt niet dat dit een rechtstreeks gevolg van het gebruik van Melanotan is, maar dit ontstaat vanwege een reeds onderliggende aandoening. Witte vlekken (meestal 2-5mm in omvang) kunnen het gevolg zijn van Idiopathische hypomelanosis wanneer er sprake is van vermindering van het aantal melanocyten en melanine in sommige gebieden. Grote witte gebieden van de huid kunnen het gevolg zijn van gordelroos. Versicolor is een schimmel infectie veroorzaakt door de gist Malassezia roos die te vinden op de huid en meestal niet storend is.

Er wordt gespeculeerd dat door het grotere verschil van melanotan 2 met onze eigen α-MSH, er een grotere kans is dat het lichaam de peptide als een 'vreemde stof’ ziet en dat daardoor een allergische reactie ontstaat. Dit zou kunnen leiden tot anafylaxie, een potentieel levensbedreigende situatie waarbij grote hoeveelheden histamine, geproduceerd door het lichaam, vrijkomen en wat kan leiden tot een scala aan effecten met zoals een ernstige bronchiënsamentrekking en gevaarlijke dalingen van de bloeddruk.